Kalaston rakenne ja kalakantojen tila kuuluvat olennaisesti vesiekosysteemin tilan seurantaan eri puolilla Itämerta. Seuranta on tarpeen ympäristömuutosten vaikutusten ymmärtämiseksi, mutta kalakantojen tilaa seurataan merialueella myös kalastuksen säätelemiseksi.