Pyhäjärvi-instituutti työskentelee kestävän ja vastuullisen ruoantuotannon ja vesienhoidon hyväksi yli 30 vuoden kokemuksella. Kokonaisvaltainen biotalousajattelu kokoaakin Pyhäjärvi-instituutin toiminnan ydinsanomaan Puhdas vesi – paremmat eväät. 

Alkutuotannon kasvu- ja vastuullisuusohjelma perustettiin vuonna 2021. Ohjelman myötä tuodaan syvyyttä ja vaikuttavuutta alueen alkutuotannon ja koko elintarvikeketjun tutkimukseen ja kehittämiseen. Alueella on runsaasti maatiloja ja elintarvikeyrityksiä, joiden kehittäminen on koko Suomen ruokaturvan ja huoltovarmuuden näkökulmasta merkittävä asia. Kasvu- ja vastuullisuusohjelman avulla voidaan uusimpia, tieteelliseen tutkimukseen pohjautuvia innovaatioita, tuotantomenetelmiä ja teknologioita tuoda erittäin nopeasti ja laajasti alueen toimijoiden käyttöön. 

Vuonna 2023 perustettiin RypsiRapsi-foorumi, jonka tavoitteena on edistää rypsin ja rapsin viljelyä ja kannattavuutta Suomessa. RypsiRapsi-foorumi kokoaa yhteen öljykasvituotannon sidosryhmät sekä aiemman kehittämistoiminnan. Se myös tuottaa uutta viljelytietoa esimerkiksi koetoiminnan kautta. 

PETLA-ohjelma takaa jatkoa perunan ja perunanviljelyn tutkimukselle. Se on perustettu vuonna 2025, Perunantutkimuslaitoksen sulauduttua Pyhäjärvi-instituuttiin.