Vesienhoidossa painopisteinä ovat asukaslähtöinen vesiensuojelutyö, kuormituksen vähentämismenetelmien kehittäminen sekä vesiensuojelutiedon levittäminen. Py­hä­jär­ven suojeluohjelma on teh­nyt 1990-lu­vun puo­li­vä­lis­tä as­ti merkittävää työtä jär­ven ti­lan pa­ran­ta­mi­sek­si. Vuonna 2017 perustettu JOKI­oh­jel­ma puolestaan pyrkii parantamaan yli­kuor­mit­tu­nei­den Eurajoen ja Köyliönjoen ti­laa. JOKIohjelman ja Pyhäjärven suojeluohjelman toiminta-alueet käsittävät yhdessä koko Eurajoen vesistöalueen Yläneenjoen latvoilta Pyhäjärven kautta aina Eurajoensalmeen Itämerellä.